一般認為明朝開國後國策有一個斷層，這個斷層起於靖難之役，終至遷都北京，此後確立以北方為中心的政治體制。誠然，永樂朝是經由篡位得權，但不應過分看重此點，舉例而言，朱棣在靖難之變後曾發出的敕旨：「建文以來，祖宗成法有更改者，仍復舊制。」若太注意斷層，就會認為這是朱棣為了想要掩飾篡位而擺出尊重祖法的策略，通過尊重祖法以強調皇位的正當性，然而其遷都北京事實上就是破壞祖法，故敕旨只是政治上的手段操作而已。這種說法固有其道理，但不全然正確，若排除預設立場從字面上解讀這段敕旨，會發現永樂朝扮演的是撥亂反正的角色，他繼承洪武的方針恢復在建文朝被變更的制度，而觸逆祖法的是建文朝才是，所以才致使靖難之役發生。
那麼，永樂朝繼承的祖法是什麼呢？遷都就是其中之一，朱元璋的確是想要遷都於北，他原計畫遷至西安，只是在洪武二十五年皇太子猝死，才使得這項計畫被迫終止，是朱棣實現了朱元璋的遺志。只是為何朱元璋始終未能如願遷都，這一切還要從明朝建國開始說起。
元朝末年反亂爆發之初，地方上有「義兵」等自衛團，原本他們的立場是站在元朝，但隨著元朝腐敗愈露，地主為了維護自身利益便開始將立場轉向，朱元璋的崛起就是一例，他本來只是一個小兵團，有了地主階級的支持後，勢力於是日益壯大，最終終能一統中國。
朱元璋能夠持續與地主階級結盟與他採取的策略不無關係，誠如《國朝典故‧國初事蹟》記載：「太祖所克城池，得元朝官吏及儒士盡用之。」朱元璋在取得南京與其他地盤以後，對於元朝舊機構的官僚、地方官都能原封不動的續任。而必須注意的是初期朱元璋集團是以故鄉鳳陽為中心發展，因此過程中的參與者必然是以淮水以南出身的人士為主。換言之，這些地主大多是住在江南的「南人」，這種現象還可以從開國的版圖中看出，洪武元年明朝的版圖只有今日的江蘇、安徽、浙江、江西、湖北、湖南、福建北部等地，幾乎都在長江以南的地區。在這種情況下，透過國子學(監)、薦舉等途徑所任用的官僚也多由南人佔據，也就是說，開國初期的明朝無論經濟上、政治上，都是以南方為基礎。
明朝以南方為政治中心，可以說是帶有必然性的結果，從前朝歷史上來看，國家財政基礎都繫於南方，如唐朝的洛陽是經濟東都、北宋的開封地裡位置偏於南邊、南宋以來江南經濟更是迅速膨脹，明朝「南人政權」建都南京則將經濟與政治中心結合為一。當然，免不了也有其弊，如地方官多是當地出身之人，或有親戚、同鄉關係，使得地方勢力與政府官僚難以切割。再者，江南又是經濟先進地區，將南京定為首都造成的結果是國家經濟單方面的在南方循環，甚至是自我閉鎖，如此一來面對北方的統一會造成相當程度的困難。對於地主階級而言，支持明朝建立的初衷就是為了維護其自身的利益不受損害，政治重心設在南方，無形中可以保障他們的勢力；但從明朝政府的立場來看，帝國版圖並不是侷限於南方，更包括尚未一統的北方。因此，一面倒向南方的政策對於長久的發展是絕對的不利，朱元璋也曾試圖解決這樣的窘境，洪武四年的《太祖實錄》記載道：「朕之用人，惟才是使，無間南北。」藉由無區別地的平等用人以拉近南北差距，但顯然效果並不理想，於是朱元璋又令吏部嚴格調查為官者的戶籍，以絕冒籍之事發生，達到「南北更調」斷絕其勢力基礎。最後，甚至廢止科舉，僅保留能從全國均等任用人才的舉薦。
然而，以上的方法都無法根本解決南方尾大不掉的矛盾，直到數年後情形才出現轉變，那是洪武九年與洪武十三年發生的空印案與胡惟庸案，其分別對地方及中央做出了肅清。洪武八年時擴郭帖木兒去世，北元勢力大勢已去，明朝陸續撤回大批北駐的武將，注意力也由外政轉向內政，此時明朝政治漸入安定，荒田復耕，賦稅制度完備。空印案就是在這種背景下發生的，原本空印文書，省去核對時不合所需的奔波是當時俗成的慣例，突然在沒有警告的情況下，政府就以產生弊病為由進行懲處，這是令官僚們難以想像的，數以百計的官僚被撤換，可以視為是明朝對地方官，特別是南人官僚的大肅清。除此之外，地方最高行政機關行中書省也在此時被裁撤，取而代之的是沒有軍政權限，只理民政的布政使司。因此，空印案一方面肅清了地方官僚，一方面也強化了皇權。而胡惟庸案可以說是空印案的延續，其所謂的叛變只是為了要廢止中書省而捏造的事件。中書省被撤銷後，六部升格，明朝中央與地方的新統屬關係才完全確立。胡惟庸案連坐者達一萬五千多人，江南鉅室、地主受到大規模的鎮壓、株連，政府清除阻礙勢力的意圖十分明顯。總結兩次的事件，行中書省、中書省被布政使司與六部取代，同時稅收體系也改為「里甲制」，原本由地主階級擔任的糧長被廢止。對統治者而言，帶來的成果是巨大的，「里甲制」使一般民眾被組織化、中書省、行中書省的廢止使皇權進一部的強化。政府體制比起原先更為進步，此點從洪武十五年時，朱元璋願意恢復科舉制度就可看出端倪。
整頓完南人的問題以後，明朝在內政上以經進入安定得階段，朱元璋在看回顧「遷都」的議題，他發覺南京絕對不適合做為明朝首都，誠如前述所言，江南的經濟會使得南方成為一個封閉式的國家，如再結合南人可能會使明朝丟掉北方。再者，北方的防衛也是一大問題，若將北方保持強大的軍事力量以抵禦外族，就會使得國內有兩個中心地，而首都距離北方太遠更會造成軍事控制力減弱，稍有不慎就有可能形成類似唐末的藩鎮局面。因此，即便南京俱備文化、經濟、政治上的條件，遷都仍是勢在必行。
朱元璋先前之所以分封諸子於北，自己繼續定都南京的原因不外乎有以下幾點：首先，人民尚未從元末混亂中恢復，如果建立新都會使得人民負擔加重。其次，元朝大都剛剛陷落，北逃的元帝覬覦之心未絕，北方仍在軍事掌控之中，不可能馬上遷都。其三，明朝在成立過程中倚賴之人許多是江南出身，貿然遷都必然會遭受到這些人的反彈。最後，明朝政權尚未穩固，在胡惟庸案後又發起三次疑獄案件，分別是「郭桓案」、「李善長之獄」與「藍玉之獄」。郭桓原為戶部侍郎，因為索賄而被誅，殃及而死的人竟高達萬人，郭桓案的爆發癥結乃是六部與布政使司之間的狼狽勾結問題，其所代表的是新樞軸並未發揮應有的成效，而其弊又以江南最為顯著，自然使明朝又進一步對六部官員進行大肅清。而李善長之獄的爆發可以解釋為肅清明朝元老功臣。總之，這些問題如果懸而未決，朱元璋是不可能遷都的。
洪武二十四年，朱元璋命皇太子巡察西安地方，表明了他遷都的意願，西安原為唐朝首都，可是就國防位置而言並非最佳的位置，故此舉也可解釋為他急於擺脫與南京的藕斷絲連，朝真正的一統邁進的表象。可是洪武二十五年，皇太子暴卒，原定的遷都計畫不得不終止，此後朱元璋年事已高，洪武朝似乎也未再有遷都的計畫了。
朱元璋始終未能離開南京，這是他的遺憾。隨後的建文朝著眼於北方諸王勢力漸大，遂反其道結合南人官僚欲進行削藩，終因靖難之役失了皇位，朱棣接了朱允炆的位置，恢復了洪武朝的法令，此舉不僅是掩飾篡位，一方面也是真真實實的繼承朱元璋的方針，而他北遷也是可說是遵循朱元璋既定的方針而行，只是他選擇了對他最有利的北京罷了。
改寫自：檀上 寬，〈明王朝成立期的軌跡─洪武前期的疑獄事件與京師問題〉，收錄在劉俊文主編，《日本中青年學者論中國史：宋元明清卷》（上海：古籍出版，1995）。
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